Agriculture et pesticides

23 janvier 2009

Dans le dernier Science, un bref article explique que le Parlement Européen a voté l’interdiction progressive d’environ 25% des pesticides utilisés au sein de l’UE au nom du principe de précaution. Il a certainement fait appel à des scientfiques sur ce sujet délicat. Le réflexe écologique au fond de nous se dit « cool ! », mais ce n’est pas si simple…

Certains chercheurs suggèrent qu’en réduisant le nombre de pesticides, on accroît les risques de résistances: en effet, un insecte ravageur de culture qui se trouve toujours au contact du même pesticide développera tôt ou tard une résistance à ce composé chimique. Ce phénomène a tendance à se produire plus rapidement lorsque le pesticide est utilisé à forte dose et sur de grandes surfaces, ce pendant plusieurs années de suite. En effet, ça augmente la pression de sélection sur les populations d’insectes ce qui en retour va favoriser les individus dotés de mutations avantageuses, et si en plus le pesticide accroit le taux de mutation… Le Parlement semble avoir pris en compte cela en étalant la mise en oeuvre de l’interdiction sur cinq ans.

De plus, un chercheur américain fait remarquer à juste titre que ce type de législation, dans notre monde globalisé, aura certainement de l’impact sur les Etats-Unis. C’est en quelque sorte l’expression du soft power européen.

Ce qui est également intéressant ici, ce sont les avis divergents au sein de la communauté scientifique. Et il est difficile de savoir les raisons là-dessous. Certains chercheurs peuvent être de bonne fois en montrant les risques qu’il y a à interdire un quart des pesticides; d’autres sont peut-être aussi financés par des entreprises produisant des pesticides; d’autres encore peuvent travailler sur quelque chose de complètement différent (faire des maths par exemple) mais avoir une activité militante dans le cadre d’une association écologique ce qui pourrait les amener à négliger quelque peu la rigueur scientifique (bien que je sois contre les « pré carrés » !). Enfin, il peut y avoir de tout et c’est là que l’on réalise le dur travail du politique à qui il revient de trancher… alors, pour ou contre le lobbying ?

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Congrès de génomique

20 janvier 2009

L’une des facettes de la vie du chercheur est de rencontrer ses collègues lors de congrès un peu partout dans le monde. Certains congrès sont de grands rassemblements pouvant atteindre plusieurs milliers de chercheurs, par exemple ceux concernant les recherches sur la Drosophile ou bien celui concernant les génomes de plantes et d’animaux. Ce dernier se déroule tous les ans en janvier à San Diego., dans un hôtel plutôt sympa…

Town & Country Hotel à San Diego

Les chercheurs viennent du monde entier bien qu’une majorité travaillent aux Etats-Unis. Les ateliers (workshop en anglais) tournent autour de la génomique structurale, fonctionnelle et comparative chez un bon paquet d’espèces. On y parle de génomes de blé, poulet, papaye, cacao, cochon, and so on

Ce congrès est aussi activement soutenu par de grosses compagnies privées comme Applied Biosystems, Roche et Illumina. En effet, dans le cadre d’une compétition acharnée, ces entreprises ont réalisé d’immenses avancées depuis 2004 en terme de séquençage au débit. il suffit de suivre les stats du Sanger Institute. On parle aussi de Loi de Moore pour le séquençage de l’ADN: les nouvelles techniques rendent possible le séquençage d’un génome humain pour quelques milliers de dollars (et ça continue à diminuer), et donc le séquençage d’une multitude d’espèces. Je reviendrai sur l’historique du séquençage de l’ADN ainsi que les techniques actuelles répondant aux doux noms de 454–Multiplex, Solexa, SOLiD et Polonator.

Aujourd’hui, quasiment chaque labo peut séquencer le génome de l’espèce sur lequel il travaille en déposant un projet de quelques milliers d’euros à une agence de financement: par exemple l’ANR en France, le Welcome Trust au Royaume-Uni, les NSF et NIH aux Etats-Unis. Cela implique de grands bouleversements que certains résument par la phrase suivante: « rocket science is for kids, bioinformatics is for scientists ».

On parle maintenant de big science pour désigner les grands projets de séquençage, les articles scientifiques à plusieurs dizaines d’auteurs, les bases de données dépassant allègrement le tera-octet, les analyses informatiques lancées sur des clusters surpuissants… Ca en effraie (ou énerve) plus d’uns qui se demandent alors si la big science est toujours de la good science, mais laissons-les parler; pendant ce temps-là les données de génomiques s’accumulent amenant dans leur sillage une floppée de nouvelles questions !


Séquences d’ADN

2 janvier 2009

Tous les êtres vivants possèdent de l’information génétique. On appelle ça l’ADN (pour « acide désoxyribonucléique », terme à consonance plutôt chimique) ou « génome » (terme à consonance plutôt biologique). C’est une grande molécule présente dans chaque cellule sur Terre, mais sa grande particularité, ce qui la rend unique entre toutes (!), c’est de renfermer l’information indispensable à la cellule pour vivre.

Mais d’ailleurs, pourquoi parle-t-on de « séquences » d’ADN ? En fait, l’ADN ressemble à une échelle qui s’entortille sur elle-même, on l’appelle aussi la « double hélice« . Et comme pour chaque échelle, ce qui est important, ce sont les barreaux… Chaque barreau de l’échelle correspond à deux molécules se faisant face l’une l’autre. Elles sont au nombre de quatre: adénine, thymine, guanine et cytosine. On les appelle des « nucléotides » ou « bases azotées » (raccourci en « bases »). La particularité des ces molécules qui forment les barreaux de l’échelle est d’être complémentaires deux à deux: A va avec T et G avec C, et pas autrement.

En fin de compte, si on imagine devant soi une copie de notre ADN, on aura une sorte d’échelle dont le premier barreau est fait, par exemple, d’une adénine et d’une thymine, puis le deuxième d’une cytosine et d’une guanine, puis le troisième… On aura vite simplifié la description en remarquant que si l’on connaît toutes les bases rattachées à un montant de l’échelle, on connaît également celles rattachées à l’autre montant, puisque elles sont complémentaires deux à deux. Une séquence d’ADN, c’est donc quelque chose comme ça: AAGTGCCGTGACAGTACGA…

Mais après tout, si ce n’est que ça, pourquoi attacher tant d’importance à l’ADN ? c’est une simple séquence, oui, mais pas n’importe laquelle: elle porte en elle l’information génétique. L’ADN est une molécule particulière qui sait s’auto-répliquer. Elle sait exprimer par elle-même l’information qu’elle contient pour se répliquer, et sa structure en échelle s’enroulant sur elle-même protège par là même l’information qu’elle possède.

Cette propriété fondamentale de l’ADN la rend très particulière, si particulière que les premiers à avoir réalisé les implications d’une telle propriété ont révolutionné la façon de voir les organismes vivants et leur évolution. Au lieu de dire qu’un organisme se reproduit en transmettant son ADN, on doit dire que l’ADN se reproduit en fabriquant un organisme qui saura le transmettre. Disparu le paradoxe de l’oeuf ou la poule. Et au cours de l’évolution, les molécules d’ADN qui étaient à l’intérieur des « meilleurs » organismes se sont retrouvées dans la génération suivante, et ainsi de suite… Oui, je sais, au début, quand on lit ça pour la première fois, ça fait bizarre, mais vous verrez, on s’y fait, et même si on voit la vie bien différemment après, on peut toujours la trouver aussi belle qu’avant, voire plus.

Quoi qu’il en soit, je suis sûr que vous imaginez aisément que, depuis que l’homme sait comment séquencer de l’ADN, il essaie de décrypter l’information qui s’y trouve… !


Pédagogie

2 janvier 2009

L’art de la pédagogie est fait d’humilité et non de fatuité: le but de tout enseignement n’est pas que le professeur, par un discours inutilement compliqué et pédant, paraisse intelligent, mais que ses élèves en aient vaincu les moindres difficultés et en ressortent grandis.

Emile Gabauriaud-Pagès, L’art d’enseigner aux autres (1919)


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