Congrès de génomique

L’une des facettes de la vie du chercheur est de rencontrer ses collègues lors de congrès un peu partout dans le monde. Certains congrès sont de grands rassemblements pouvant atteindre plusieurs milliers de chercheurs, par exemple ceux concernant les recherches sur la Drosophile ou bien celui concernant les génomes de plantes et d’animaux. Ce dernier se déroule tous les ans en janvier à San Diego., dans un hôtel plutôt sympa…

Town & Country Hotel à San Diego

Les chercheurs viennent du monde entier bien qu’une majorité travaillent aux Etats-Unis. Les ateliers (workshop en anglais) tournent autour de la génomique structurale, fonctionnelle et comparative chez un bon paquet d’espèces. On y parle de génomes de blé, poulet, papaye, cacao, cochon, and so on

Ce congrès est aussi activement soutenu par de grosses compagnies privées comme Applied Biosystems, Roche et Illumina. En effet, dans le cadre d’une compétition acharnée, ces entreprises ont réalisé d’immenses avancées depuis 2004 en terme de séquençage au débit. il suffit de suivre les stats du Sanger Institute. On parle aussi de Loi de Moore pour le séquençage de l’ADN: les nouvelles techniques rendent possible le séquençage d’un génome humain pour quelques milliers de dollars (et ça continue à diminuer), et donc le séquençage d’une multitude d’espèces. Je reviendrai sur l’historique du séquençage de l’ADN ainsi que les techniques actuelles répondant aux doux noms de 454–Multiplex, Solexa, SOLiD et Polonator.

Aujourd’hui, quasiment chaque labo peut séquencer le génome de l’espèce sur lequel il travaille en déposant un projet de quelques milliers d’euros à une agence de financement: par exemple l’ANR en France, le Welcome Trust au Royaume-Uni, les NSF et NIH aux Etats-Unis. Cela implique de grands bouleversements que certains résument par la phrase suivante: « rocket science is for kids, bioinformatics is for scientists ».

On parle maintenant de big science pour désigner les grands projets de séquençage, les articles scientifiques à plusieurs dizaines d’auteurs, les bases de données dépassant allègrement le tera-octet, les analyses informatiques lancées sur des clusters surpuissants… Ca en effraie (ou énerve) plus d’uns qui se demandent alors si la big science est toujours de la good science, mais laissons-les parler; pendant ce temps-là les données de génomiques s’accumulent amenant dans leur sillage une floppée de nouvelles questions !

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