Vous aussi vous êtes bookaholic ?

22 juin 2009

Lisez le dernier billet de Pierre Assouline, ici. Parce que, oui, on peut le dire, sans honte, que lorsque l’on va chez des amis à quelques stations de métro, on ne pars pas sans son Courrier International, quitte à ce que les gens qui nous invitent le glisse dans la poubelle une fois arrivée, à notre insu. Ou bien quand l’on part arpenter les cimes himalayennes, on ne trouve rien de mieux que de se laisser entraîner, sandales au vent, jusqu’à l’Alliance Française de Kathmandou au sud de Tripureshwor Marg, histoire de dégoter une petite pièce de Musset ou ce qui est peut-être l’un des meilleurs romans de Hugo. D’une façon plus naturelle, on ne se prélasse pas sur les plages normandes jusqu’à point d’heure sans une pile de journaux et autres pavés littéraires propices au longs couchers de soleil. Et osons les anachronismes, telle la lecture du japonais le plus cool et rêveur des dix (vingt?) dernières années sur la plage de Tel Aviv. Mais en fin de compte, qu’est-ce qui remplacera la douce lumière du RER D qui accompagna pendant plusieurs semaines le thésard fatigué à chaque trajet plongé dans ce qui restera, avec ce jeu qu’il lui plairaît de jouer, l’un des grands souvenirs filés de ces dernières années.

Et toi qui me lis, à quel livre penses-tu? Parce que je te connais un peu, tu vois bien, et je sais que tu as connu ces moments-là…

quelque part dans le Néguev


Se faire séquencer son génome, intéressé ?

20 juin 2009

En 2009, tout chercheur en génomique connaît le nom d’Illumina. Cette société implantée à San Diego a été créée en 1988 et s’est vite positionnée au début des années 2000 sur le marché du génotypage de SNPs (single nucleotide polymorphism).

Un petit paragraphe pour expliquer: chaque être humain possède un génome proche de celui de son voisin, ils appartiennent tous deux à l’espèce Homo sapiens, avec cependant quelques différences. Par exemple, dans la portion du génome codant pour la protéine permettant de transporter l’oxygène dans le sang, l’hémoglobine, un individu I1 va avoir la séquence AGGCGGTGCAG… alors qu’un individu I2 aura la séquence AGGAGGTGCAG… Si cette différence C<->A atteint une fréquence supérieure à 1% dans la population, on parle de polymorphisme génétique. Et comme cette différence correspond au fait que l’on ait un nucléotide C ou un nucléotide A à cette position, on parle de single nucleotide.

Maintenant, imaginez que l’on découvre que les individus atteints de la maladie X ont une combinaison de SNPs le long de leur génome (un haplotype) statistiquement différente de celle d’individus sains. On peut donc supposer qu’un bon moyen de connaître la prédisposition à cette maladie serait de connaître la combinaison de SNPs le long du génome: on parle alors de génotyper le génome d’un individu.

En 2002, le projet HapMap est lancé sous les auspices du National Human Genome Research Institute américain. Son objectif est de dresser un inventaire des similitudes et différences génétiques entre êtres humains à l’échelle du globe. N’hésitez pas à aller naviguer sur le site web du projet, il regorge d’information! En parallèle, les entreprises de biotechnologie se mettent à proposer ce genre d’analyse et vous pouvez depuis un ou deux ans vous faire génotyper votre propre génome. Si vous êtes intéressés, allez voir les entreprises deCODEme ou bien 23AndMe. La première propose de génotyper un million de SNPs pour $1000, l’autre 500,000 pour $400.

Mais vous avouerez que ce serait encore mieux de pouvoir connaître la séquence de tout son génome, et pas seulement de quelques SNPs aussi nombreux soient-ils. Dans ce but, Illumina a racheté Solexa pour 600 millions de dollars en novembre 2006. Ce rachat a été motivé par la technologie de séquençage à haut-débit mise au point par les équipes de Solexa. Finalement, depuis début juin, Illumina vous propose d’obtenir la séquence de votre génome pour$50,000. Pourquoi feriez-vous cela ? Voici la réponse d’Illumina: « every genome tells a story, what’s yours? ». Bien sûr, ça reste un peu cher mais Knome le concurrent d’Illumina propose le même service à $100,000 et les prix ne font que baisser donc qui sait, lorsqu’on atteindra $10,000 ça devrait tenter pas mal de monde…

séquenceur Solexa

Techniquement parlant, Illumina séquence votre génome en quelques heures avec une couverture de 30x (chaque base de votre génome est séquencé 30 fois en moyenne). Comme le génome humain est très répété (45% d’éléments transposables au moins), environ 10% du génome ne sera pas présent dans la séquence finale mais les 90% restant le seront avec une précision de 99%. Et comme la séquence de votre génome, c’est quand même 3 milliards de bases, Illumina vous donne pour le même prix un Mac pour stocker tout ça.

genome browser du projet "1000 genomes"

Scientifiquement parlant, la technologie d’Illumina est largement utilisée par les chercheurs pour leur propre travaux. De plus, le projet 1000 genomes qui, comme son nom l’indique a pour but de séquencer entièrement le génome de 1000 individus, a choisit cette technologie.

Socialement parlant, tout ça provoque des débats houleux, passionnés, voire enflammés. Les médias ont tendance à proclamer que l’on décrypte un génome alors qu’on ne fait que le séquencer, ce qui est loin d’avoir le même sens, vous en conviendrez. De plus, le client lambda assez riche pour se payer un tel service ne va généralement pas comprendre qu’on lui fournit des chiffres estimant la prédisposition à une maladie et non un risque avéré même si les entreprises ont l’air de faire beaucoup d’efforts pour gérer ça. L’implication des chercheurs reste indispensable pour expliquer leur travail et comprendre en retour les attentes de la société.

Enfin, en séquençant tous ces génomes, on peut aussi remonter les traces de nos ancêtres qui ont peuplé la Terre et savoir un peu plus précisément de qui l’on descend et avec qui l’on partage une partie de son génome. Sympa, non ?

schéma de coalescence

Sources des images: Nature, 1000genomes, Allan Wilson Centre


Vent de révolte en Iran

20 juin 2009

Il y a quelques semaines à peine tous les citoyens de l’Union Européenne ont été appelés à voter pour élire leur Parlement. La participation fût faible… C’était pourtant l’occasion d’exprimer l’un des droits les plus importants acquis de haute lutte au cours de l’histoire, l’une des occasion de réaliser pleinement le contrat social qui nous lie tous. Mais apparemment, de telles considérations n’agitent plus les foules. dans nos contrées Cependant, la situation n’est pas la même partout et dans les pays où le mot « élections libres » est interprété par le pouvoir en place, certains votants se révoltent: c’est typiquement le cas de l’Iran en ce moment même.

Heureusement dans le monde actuel, il ne faut pas aller bien loin pour suivre ce qui arrive « en ce moment même »: Twitter. C’est un site internet de « micro-blogging » (un billet ne doit pas dépasser 140 caractères) aujourd’hui utilisé par plusieurs millions de personnes à travers le monde. L’équipe derrière ce site a ajouté une fonctionnalité de recherche à la définition évocatrice: See what’s happening — right now. Alors pour suivre ce qui se passe dans les rues de Téhéran, je suis allé ici http://search.twitter.com/ puis j’ai cliqué sur le Trending topic #iranelection et là, toutes les secondes, des billets apparaissent.

Par exemple, j’ai pu suivre en temps réel l’annonce de l’attaque suicide à la bombe sur le mausolé de Khomeini, puis le fait que cette annonce ne soit diffusée que par Press TV, organe financé par le gouvernement iranien. Idem, j’ai pu suivre l’avancée des policiers dans les rues de Téhéran, et ce aidé de Google Map.

J’ai également pu voir certaines vidéos postées sur YouTube, par exemple celle-ci montrant des manifestants faisant reculer les policiers en criant « Down with Khamenei »:

ou celle-là d’une réflexion déchirante avec vue des toits de Téhéran la nuit du 19 au 20 juin:

Et parmi l’avalanche de twitt (nom donné aux messages sur Twitter), j’en ai retenu un menant à cet article sur le site du Washington Post écrit par deux doctorants de Columbia University. En bons statisticiens, lorsqu’ils ont lu les nouvelles selon lesquelles les élections présidentielles en Iran étaient truquées, ils ont décidé d’en avoir le coeur net. En premier lieu ils ont récupéré sur le site du Ministère iranien de l’Intérieur le nombre de votes reçus par les quatre candidats principaux, et ce dans plusieurs régions. Puis, si par exemple Ahmadinejad a reçu 14579 votes dans une province particulière, ils se sont intéressés aux deux derniers chiffres de ce nombre: « 7 » et « 9 ».

Et pourquoi donc? Parce que les psychologues ont montré que les humaines n’étaient pas très bons à inventer des nombres aléatoirement: on a tendance à sélectionner certains chiffres plus souvent que d’autres. S’il n’y a pas de fraude, chaque chiffre (0,1, 2, 3…9) devrait apparaître dans des proportions uniformes à la fin des nombres de votes. Dans la même veine, on a tendance à sélectionner des nombres avec des chiffres adjacents: on préfère 23 à 17 par exemple.

En regardant ce genre de choses dans les résultats des élections iraniennes, nos deux statisticiens, Bernd Beber et Alexandra Scacco, ont montré qu’effectivement on pouvait observer des irrégularités et que celles-ci étaient très improbablement dues au hasard seul. La main des Bassidjis ?

fraude des Bassidjis versus loi statistique


Citation pour le sujet du bac de philo série S

18 juin 2009

La science rend le monde disponible, l’art le rend habitable.

Merleau-Ponty


Attention, derniers jours avant congrès

4 juin 2009

Comme tout un chacun, le doctorant (surtout le doctorant devrais-je dire) est à la bourre avant un congrès. Ça se vérifie ici par exemple… Et qu’est-ce qu’il fait le doctorant pendant les dernières nuits avant de partir ? il prépare son poster pardi ! Ces longs moments de travail nocturne, il les passe devant l’écran d’ordinateur à jouer avec OpenOffice Impress pour faire tenir tous ses beaux petits résultats sur une affiche A0.

Et ce n’est pas si facile que ça de préparer un poster montrant ce à quoi on passe le plus clair de notre temps: les interrogations sur ces phénomènes naturels qui nous intriguent, nos timides interprétations, nos ratages, nos pistes prometteuses… Bien sûr, de gentils chercheurs confirmés donnent quelques conseils (article en accès libre). Mais le fond de la chose, en fin de compte, c’est qu’il nous faut se confronter aux données, à la méthode, à la démarche, aux hypothèses fondatrices, et ce sans indulgence, d’un regard inquisiteur et incisif.

Lorsque je me sens prêt à affronter les critiques de mes confrères, rassuré par les publis existantes et le regard de mon directeur de thèse, alors je passe à la deuxième étape, celle qui consiste à regarder le poster d’un œil curieux, flâneur. Je me plonge dans une demi-rêverie, des graphiques au fond des yeux, traçant des schémas évasifs sur le tableau, recherchant dans ce fouillis de symboles l’explication qui se cache derrière les artefacts expérimentaux, la bonne trajectoire au milieu des simulations… Soudain je m’élance vers le clavier, lance quelques programmes, triture des bouts de génomes et tente de discerner les reflets attendus; me replonge dans un article vieux de 30 ans, le compare au dernier Genome Research; le temps passe alors; et puis ça repart, je ferme les écoutilles, écrit des lignes et des lignes de codes, lance le tout, sort les résultats et re-belotte je dérange ma voisine de bureau en lui disant « regarde ce que j’ai trouvé, c’est la 1e fois qu’on voit ça ! »; et ça continue…

Enfin, quelques jours au bord de la mer, ça fera du bien !

radial_phylogeny


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