Manque de temps

25 octobre 2009

Ce dont j’aurai voulu parler sur ce blog depuis déjà quelques semaines:

  • un journal club sur deux papiers dans Nature à propos du réveil des éléments transposables chez des mutants de méthylation chez Arabidopsis thaliana (ici et ici);
  • une review de Wilson & Wilson sur la multilevel selection theory et comment les bases théoriques de la sociobiologie ont été revisitées depuis les années 60;
  • un article énooorme dans Science sur la structure 3D du génome humain dans le noyau de nos cellules (ici);

En gros, tout ça pour vous mettre l’eau à la bouche 😉

Cependant, pour faire travailler les méninges, même un dimanche soir, je vous laisse méditer ces citations.

De l’impossibilité théorique de classifier en biologie:

[…] I was much struck how entirely vague and arbitrary is the distinction between species and varieties.

Charles Darwin, On the Origin of Species (1859)

en exergue d’une review sur un article de PLoS décrivant la diversité génétique au sein de 20 souches d’E. coli

De la difficulté d’interpréter tout phénomène historique:

[…] any historical event can be considered as resulting from the superposition of different historical trends, each with its own pace of evolution.

Michel Morange citant La Méditerranée et le monde méditerranéen à l’époque de Philippe II de Fernand Braudel (1949), dans un essai sur l’embyologie moléculaire

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Accrochons-nous…

19 octobre 2009

At most 1% of brilliant ideas turn out to be right in biology (it is, I guess, close to 90% in mathematics) while only few ideas can be tested in a realistic stretch of time: the amount of skilled work going into a serious experiment can hardly even be imagined by a mathematician like myself not to speak of enormity of the background knowledge needed to design such an experiment.

Misha Gromov, IHES

More details here.


Science antedisciplinaire ?

14 octobre 2009

Je réponds au clin d’oeil. Moi aussi je n’ai compris que plus tard… en lisant le #44 et #45 d’affilée. C’est une occasion manquée mais pour ne pas la regretter trop longtemps je vais écrire un billet pour la peine. Je suis très peu intervenu pendant cette réunion, voir quasiment pas, et ce pour plusieurs raisons. La fatigue d’abord, qui m’étreignait sans relâche, les idées floues ensuite, face aux questions abordées. Très schématiquement on y parlait d’interactions entre modélisateurs et expérimentateurs: comment les promouvoir, les accompagner, les susciter, les améliorer ? Vous savez, les débats autour de l’interdisciplinarité en science…

Certains se battent sur les mots, d’autres créent des programmes de recherches, des instituts interdisciplinaires voient le jour, des écoles doctorales aussi. C’est normal, personne ne sait vraiment comment faire fonctionner tout ça (enfin, certains ont quelques pistes) alors on expérimente un peu à tout va. Là, rien à redire, la diversité est une stratégie qui permet de bien explorer le champ des possibles. Mais il arrive souvent qu’on ne soit pas d’accord sur qui va faire ça et comment ils doivent le faire. Car bien entendu, des recherches interdisciplinaires, il faut des gens pour les mener, et ça ne tombe pas du ciel.

Certaines personnes pensent qu’il faut prendre un modélisateur très compétent (par ex, il sait résoudre plein d’ODEs super vite) et un expérimentateur très astucieux (par ex, il sait super bien gérer des populations d’epiRILs). Et en les mettant dans le même labo pendant deux ans, on a un Science à la fin. Mais on oublie quelque chose… ils doivent apprendre à se parler, à se comprendre, à s’intéresser mutuellement ! Penser que deux personnes très fortes dans leur disciplines arriveront à mener des recherches interdisciplinaires, uniquement parce qu’elles sont très fortes dans leur disciplines, c’est bien une idée de chercheur qui ne mène pas de recherches interdisciplinaires 😉

On a tendance à toujours oublier le 3e ingrédient: la capacité à interagir fructueusement. Le modélisateur, il a aucune envie de faire plaisir à l’expérimentateur en lui résolvant une pauvre équation, si ça lui prend du temps sur ces recherches qu’il considère comme étant beaucoup plus intéressantes. Idem, l’expérimentateur, passer chaque réunion à expliquer au modélisateur que, non, décidément, le modèle il est vraiment beaucoup trop simple par rapport à la réalité, ça le soûle.

Il faut donc commencer par admettre une bonne fois pour toute que chacun a besoin de pouvoir suivre son propre intérêt dans la collaboration, en tout cas, de ne pas trop s’en éloigner. La réussite du projet en dépend… Donc c’est dans cet état d’esprit qu’il faut entamer le schmimblick. Ensuite, l’expérience montre que c’est mieux de savoir initialement un peu de quoi l’autre parle. Par exemple, connaître vite fait le modèle linéaire en stats et le dogme de la biologie moléculaire, savoir en gros ce que signifie « scale-free networks »  et « FRET« , pouvoir parler 5 min sur les différences entre cellules animales et cellules végétales, ainsi que sur les algos de programmation dynamique. Le but n’est pas d’être « expert » dans deux domaines, tout thésard entre deux labos le sait bien, non c’est plutôt de savoir communiquer avec tous les gens susceptibles de nous aider à comprendre ce que l’on observe tout en y trouvant un intérêt.

En quelques mots, pour moi, ce type de comportement chez l’homo academicus, c’est « être à l’interface ». Textuellement et scientifiquement parlant. Faire le lien. Aller voir chez le voisin ce qu’il sait faire et l’adapter à sa question. Utiliser le modèle mathématique de reconnaissance vocale et l’adapter à l’analyse des génomes (cas des HMMs). Discuter avec son pote et lui donner des pistes sur son propre sujet, uniquement parce qu’on a un regard naïf. Oui, naïf, parce qu’être à l’interface présuppose de prendre des risques d' »images »: poser une question qui peut sembler stupide. Oser. Tout l’apprentissage consiste à faire en sorte de garder sa naïveté tout en acquiérant  une capacité à poser des questions intéressantes dans d’autres domaines que le sien. Etre à l’interface, c’est aussi se préparer à sentir le vide sous soi. Par exemple en fin de thèse, à se retourner sur ce qu’on a fait et à douter; à commencer sa réfléxion sur le post-doc et ne pas savoir o`u aller (à droite, chez les modélisateurs ? à gauche, chez les expérimentateurs ?); à rédiger ses premiers papiers et à craindre qu’ils ne remplissent pas les standards, ni des uns, ni des autres.

Tout cela, il m’aurait été difficile de le dire à la réunion. C’est trop peu clair encore dans ma propre tête, et je peux bien sûr changer d’avis sur quelques points écrits ci-dessus. Je n’ai d’ailleurs peut-être pas exprimer ma pensée aussi nettement que je l’aurai voulu. Toujours est-il que plus je relis le papier de Sean Eddy intitulé « Antedisciplinary science« , plus j’ai l’impression confuse d’aller dans cette direction là.

La Nature est là, dans toute son étrange beauté, se moquant bien des catégories, disciplines et autres barrières, se laissant toutefois approcher par l’intrépide aux yeux d’enfant.


Propos d’après guerre

8 octobre 2009

A propos de la bataille d’Angleterre:

Bien des choses ont pu ou pourront nous séparer de nos amis anglais. Il arrive que nous nous comprenions mal. Nous les exaspérons souvent et ils nous déconcertent quelquefois. Mais quoi qu’il arrive, quelques-uns parmi nous n’oublieront jamais l’étonnant spectacle de ce peuple qui alliait le courage du cœur à celui du langage et qui, seul dans l’univers déchaîné, a défendu sa liberté sans élever une seule fois le ton.

[…] Mais le souci douloureux et fier que nous avons de notre pays ne pourra jamais nous rendre ingrat et nous faire oublier ce mois de septembre o`u la vérité humaine qu’on écrasait chez nous remportait sa première victoire dans la libre Angleterre.

Albert Camus, article dans « Combat », 23 septembre 1944

Dans un article sur le rationnement:

Baudelaire prétendait qu’on avait oublié deux droits dans la Déclaration des droits de l’homme: celui de se contredire et celui de s’en aller.

Albert Camus, article dans « Combat », 5 avril 1945

A propos de la mort de Roosevelt:

Il avait le visage du bonheur. […] Qu’est-ce qu’un grand individu, en effet, sinon un homme qui donne son visage, son langage et son action à une grande civilisation ? […] Mais c’est le propre des individus achevés que de parler pour toute leur culture, au moment même o`u ils semblent tenir leur langage le plus personnel. […] Il savait seulement qu’il n’est pas de douleur qui ne se surmonte par l’énergie et la conscience. A ce degré d’expérience, on connaît la valeur des hommes et l’on se met à les aimer. […] La paix du monde, ce bien sans mesure, il vaut mieux qu’elle soit préparée par des hommes au visage heureux que par des politiques aux yeux tristes. […] Et les hommes, au milieu de tant d’égarements, le sentent assez pour qu’un silence passager se fasse parmi eux, au moment o`u cet esprit vient à quitter un monde déraisonnable, qui n’a pas d’autre espoir, justement, que la qualité humaine.

Albert Camus, article dans « Combat », 14 avril 1945

Comment, devant des phrases si justes, au long desquelles le sens voulu par l’auteur se transmet au lecteur dans une clarté limpide, refermer le livre et se coucher ? Et encore, je ne vous recopie pas l’article du 9 mai 1945… Vous le trouverez ici.


Quand il est question de discrimination…

1 octobre 2009

comprendre comment et pourquoi l’on peut s’engager: ici




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