Egoïste, égoïste

Ce titre évoquera chez certain(e)s un parfum capiteux mais d’autres (beaucoup d’autres ?) y associeront ce dont il est question dans la suite:

While proper care should be exercised both in labelling as selfish DNA every piece of DNA whose function is not immediately apparent and in invoking plausible but unproven hypotheses concerning the details of natural selection, the idea seems a useful one to bear in mind when exploring the complexities of the genomes of higher organisms. It could well make sense of many of the puzzles and paradoxes which have arisen over the last 10 or 15 years. The main facts are, at first sight, so odd that only a somewhat unconventional idea is likely to explain them.

Selfish DNA: the ultimate parasite, L. Orgel and F. Crick , Nature 1980 v284

Ci-dessous une figure tirée de l’article intitulé « Initial sequencing and analysis of the human genome » paru dans Nature en 2001 (soit 20 ans après l’article dont est tiré la citation ci-dessus).

L’axe horizontal représente le temps: plus on va à droite, plus on va dans le passé. L’axe vertical représente la proportion du génome humain occupée par des éléments transposables. Les couleurs représentent différentes catégories d’éléments transposables.

Si l’on regarde plus précisément le bleu clair (pour les initiés ce sont les Alus, des SINEs), on voit qu’à un moment dans le passé (x=26) un élément est apparu puis s’est amplifié, c’est-à-dire que son nombre de copies a augmenté, jusqu’à connaître un pic (x=7), puis cet ensemble d’éléments a commencé à diminuer en quantité.

Le contenu d’un génome est donc très dynamique: ça se balade dans nos cellules ! Et ces éléments transposables, comment ça fait pour « sauter » d’un endroit à un autre ? A quelle vitesse ça apparaît ou disparaît ? Ils se répartissent partout dans le génome ou bien s’accumulent « dans les coins » ? Qui en a le plus, le moins ? Quand ils bougent « cassent »-ils tout ou bien apportent-ils des « surprises » avec eux ? Peuvent-ils servir à « transporter » des « choses » ? A quoi sont-ils repérables ? Peut-on dire qu’ils « structurent » le génome ? Sont-ils associés à d’autres propriétés du génome, sans parler de l’épigénome ?

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