Le chercheur qui rédige

Un scientifique doit rédiger des rapports sur ses recherches, et ceci bien plus souvent qu’on ne le pense. Le fait même de rédiger, de mettre par écrit les idées qu’on a dans la tête, les résultats qu’on a trouvés, et les conclusions qu’on en a tirées, procure généralement un plaisir intellectuel très appréciable. Mais cet exercice a un prix: les inévitables questions de format, de mise en page et toutes les autres considérations techniques qui ne manquent pas d’apparaître. Alors comment faire pour éviter au maximum les désagréments, ne pas perdre de temps et être satisfait du résultat obtenu ?

Lorsque j’ai été confronté à ces questions, j’ai dû farfouiller à droite et à gauche pour trouver les bons outils, l’ordre optimal dans lequel effectuer chaque étape de la rédaction, les formats à utiliser, etc. Ce billet a pour but de remplir ce besoin, en premier lieu pour moi-même, afin que je n’oublie pas ce que j’ai utilisé pour rédiger mes différents manuscrits. Et ensuite, comme toujours, si ça peut servir à quelqu’un d’autre, tant mieux.

Tout d’abord, j’utilise Ubuntu, une distribution Linux, et j’essaie de n’utiliser que des outils libres et gratuits, si possible utilisables (portables) sous Windows, Mac et Linux. On entend souvent dire que ces programmes sont biens mais que ils ne valent pas Microsoft Word, Adobe Illustrator, etc. C’est faux: pour 95% des utilisateurs, les programmes libres et gratuits sont largement suffisants et simples d’utilisation. Par contre, il est vain de rechercher un seul outil pouvant tout faire, vite et bien. J’essaie donc de trouver un outil pour chaque utilisation, puis d’utiliser des formats d’échange entre tous.

* * *

Pour écrire le texte, j’utilise OpenOffice Writer qui est l’équivalent de Microsoft Office Word. Afin de partager mon travail avec des collaborateurs travaillant avec Word, je sauvegarde mon document au format « DOC ». Si ceux-ci m’envoient leurs corrections, je peux les lire dans Writer. Cela fonctionne la plupart du temps mais il vaut mieux à cette étape ne pas se préoccuper de mise en page. Je fais donc le minimum, c’est-à-dire utiliser les styles par défaut pour les titres et les paragraphes, et je n’inclus généralement pas les images dans le document.

Pour dessiner les schémas, j’utilise Inkscape qui permet de faire du dessin vectoriel, ce type de dessin étant redimensionnable sans perte de qualité. Cela signifie qu’une fois un schéma réalisé, je peux l’exporter en grande dimension si je veux le mettre sur un poster de taille A0, en moyenne dimension si je veux le mettre dans un article, ou en petite dimension si je veux le mettre dans une présentation: la source du schéma n’est donc qu’à un seul endroit.

Pour réaliser les graphiques, et bien, bizarrement, je n’ai pas beaucoup eu besoin d’en faire, mais comme dans la plupart des cas, réaliser un graphique revient à manipuler des données, j’utilise R qui, bien que présenté comme étant un environnement pour faire des calculs statistiques, permet de faire des figures de grande qualité. Cependant, utilisant souvent Python pour programmer, je me mets petit à petit à utiliser la package « matplotlib« .

Pour manipuler une image, j’utilise GIMP, que ce soit une photo, un schéma issu de Inkscape, un graphique issu de R… Avec cet outil, je peux redimensionner des images, ajouter un fond blanc, exporter en plusieurs formats, etc.

Pour faire la mise en page, j’utilise LaTeX, un système logiciel de composition de documents. Je pourrais l’utiliser aussi pour écrire le texte mais ce n’est vraiment pas pratique du tout de relire, corriger, améliorer un texte de manière collaborative avec LaTeX. Sinon, pour faire simple, avoir LaTeX sur votre ordinateur vous permet de réaliser des documents d’une qualité similaire à un imprimeur professionnel, que ce soit un roman, une suite d’équations ou une partition de musique. Bien évidemment, la mise en page se fait à la fin !

Pour gérer la bibliographie et les citations, j’utilise le format « bibtex » utilisé par LaTeX. En pratique, je rassemble au fur et à mesure de mes recherches les références qui m’intéressent sur le site web CiteULike. Une fois que j’ai défini un sous-ensemble d’articles à citer, je leur donne le même tag et les exporte au format « bibtex ». Si je veux les incorporer dans le texte en cours d’écriture avec Writer, j’utilise JabRef pour exporter mes références du format « bibtex » au format « ods » d’OpenOffice, puis dans Writer je choisis « Edit » -> « Exchange Database… » -> Browse, puis « Tools » -> « Options… » -> « OpenOffice.org Base, Databases », et je fais attention de renommer par « Bibliography ». Mais je recommande plutôt, dans le texte en cours d’écriture, de mettre les référence sous la forme « ref XX 2008 », puis de faire la mise en page des citations à la fin avec LaTeX directement.

* * *

Et maintenant, quelques astuces qui me servent souvent pour manipuler des images…

Pour dessiner un diagramme en pratique, j’ouvre Inkscape et crée un document de dimension A0 en orientation « paysage » avec une résolution de 300 ppi (pixels per inch), la qualité demandée par les éditeurs. Le fait que l’image de base soit si grande m’assure de ne pas me retrouver à vouloir exporter mon image dans des dimensions supérieurs à celles auxquelles je peux prétendre: pas de risque avec A0… Si j’ai besoin d’écrire du texte, une légende par exemple, j’utilise la police Arial. Pour entrer un symbole mathématique, Inkscape utilise les codes Unicode via la combinaison de touches Ctrl+U. Une fois le dessin réalisé, je sauvegarde le document au format « svg ».

Ensuite, avant d’inclure l’image dans mon document final, je l’ouvre avec GIMP en précisant la résolution (au moins 300 ppi) et la taille (souvent 7 pouces pour la largeur). J’ajoute un calque blanc (« Calque » -> « Nouveau calque… » -> je garde les dimensions et je coche « blanc ») et je le mets en bas de l’image (« Calque » -> « Pile » -> « Calque tout en bas »). J’aplatis l’image, si besoin je coupe des parties superflues (crop), puis je la redimensionne en gardant 300 ppi mais en modifiant la largeur (clic droit -> « Image » -> « Échelle et taille de l’image »), et enfin je la sauvegarde au format « tif » en compressant avec LZW.

Dans certains cas, j’ai besoin d’utiliser une capture d’écran tout en gardant une bonne résolution (300 ppi). Pour cela, je capture mon écran et obtiens donc une image, généralement au format « png ». Puis j’insère la capture d’écran dans une présentation d’OpenOffice Impress (équivalent du Power Point de Microsoft Office) et j’exporte le document au format « pdf ». J’ouvre ce fichier avec GIMP en précisant bien que je veux une résolution de 300 ppi. Je coupe l’image (crop) en enlevant les bordures inutiles, je redimensionne l’image en gardant bien 300 ppi mais en modifiant les dimensions si nécessaire, et enfin je sauvegarde l’image au format « tif » avec la compression LZW.

Si j’ai besoin de découper une image au format pdf, par exemple un schéma réalisé avec Beamer et TikZ, j’utilise GIMP. A l’ouverture, je choisis une résolution suffisamment élevée (par exemple 500 ppi) afin d’avoir une image suffisamment grande (au moins 6 pouces). Puis je découpe l’image comme je le souhaite. Enfin, je redimensionne en fixant une résolution de 350 ppi, et je sauve au format TIF.

* * *

Une fois que le texte a été finalisé, après maints aller-retours entre les différentes auteurs, je peux enfin me mettre à la mise en page. Pour cela, j’ajoute un plugin à OpenOffice Writer, writer2latex, qui me permet, comme son nom l’indique, d’exporter un document de Writer vers LaTeX. C’est très simple, une fois le plugin installé, j’ouvre le document en question avec Writer (sans les images), puis je clique sur « Fichier » -> « Exporter » et je choisis « LaTeX 2e » comme format. J’obtiens ainsi un fichier texte contenant mon fichier formaté en code latex, à partir duquel j’obtiens une version « pdf » via la commande « pdflatex ». C’est surtout très pratique pour les tableaux, parce qu’ils sont longs et fastidieux à créer en LaTeX, et bien plus rapide à faire avec Writer.

Par défaut, writer2latex exporte le document dans l’encodage « latin1 » qui consiste à mettre « \’a » à la place de « à », ce qui, vous en conviendrez, n’est pas très lisible. Pour régler cela, il faut changer le fichier de configuration de writer2latex. Ce fichier XML se trouve a priori dans le répertoire de configuration d’OpenOffice, ici sous Ubuntu: $HOME/.openoffice.org/3/user/. A la place de « latin1 », il faut mettre « utf8 », et tout rentre dans l’ordre. Si votre texte est en français, vous pouvez aussi automatiquement remplacer les guillemets par les commandes latex \og et \fg. D’ailleurs, beaucoup d’autres choses sont paramétrables, en voici quelques exemples bien utiles:

<option name="inputencoding" value="utf8"/>
<string-replace input="& #xAB;& #xA0;" latex-code="\og "/>
<string-replace input="& #xA0;& #xBB;" latex-code=" \fg"/>
<string-replace input="'" latex-code="'"/>

* * *

A la fin, vous avez tout votre texte formaté en latex, il reste maintenant à faire la mise en page. Pour cela, et bien, il faut apprendre LaTeX. Par exemple, il existe une syntaxe spéciale pour inclure les images au bon endroit, à la bonne taille, etc. Ah bah oui, on n’a rien sans rien… Mais heureusement beaucoup d’information est disponible sur Internet. Ce n’est pas une mine d’or mais plutôt une meule de foin, alors voici deux épingles bien utiles (et en français): un WikiBook sur LaTeX, et les tutoriels des élèves de l’ENS.

Avec tout ça, il n’y a plus de raison pour continuer à partager des documents de mauvaise qualité !

Laisser un commentaire

Entrez vos coordonnées ci-dessous ou cliquez sur une icône pour vous connecter:

Logo WordPress.com

Vous commentez à l'aide de votre compte WordPress.com. Déconnexion / Changer )

Image Twitter

Vous commentez à l'aide de votre compte Twitter. Déconnexion / Changer )

Photo Facebook

Vous commentez à l'aide de votre compte Facebook. Déconnexion / Changer )

Photo Google+

Vous commentez à l'aide de votre compte Google+. Déconnexion / Changer )

Connexion à %s

%d blogueurs aiment cette page :