Découvrir ensemble

24 février 2012

The isolated man does not develop any intellectual power. It is necessary for him to be immersed in an environment […] He may then perhaps do a little research of his own and make a very few discoveries […] the search for new techniques must be regarded as carried out by the human community as a whole, rather than by individuals.

Alan Turing, 1948, quoted in Nature v482

Publicités

Utiliser LaTeX pour une thèse en SHS franco-vietnamienne

3 janvier 2011

De tout temps, des artisans ont produit de magnifiques objets, mais tous les métiers ne s’y prêtent pas. Certaines professions sont nettement plus « scribouillardes » que d’autres, notamment dans le monde académique où l’on produit (est censé produire) des articles à la chaine.

Ces idées, résultats, interprétations, discussions, conclusions, méritent d’être diffusés avec une mise en page respectant autant que faire se peut les règles typographiques en vigueur. De plus, à notre époque numérique, il est important de s’assurer de la pérennité de ces documents académiques, c’est-à-dire de leur préservation sous une forme permettant de les convertir facilement à l’avenir.

Dans un un tel contexte, nous pouvons donc tous nous réjouir du travail de Donald Knuth à qui nous devons, entre autre, l’existence de TeX, un système de composition de documents. Au passage, remercions également Leslie Lamport qui a grandement facilité l’utilisation de TeX en créant LaTeX. Mais passons plutôt aux aspects pratiques…

L’intérêt de LaTeX réside dans le fait qu’il exige du rédacteur de se concentrer sur la structure logique de son document, son contenu, tandis que la mise en page du document est laissée au logiciel lors d’une compilation ultérieure. LaTeX sépare ainsi en deux phases la forme du contenu. Ce système est libre, gratuit et multi-plateforme (en gros, il fonctionne sur GNU/Linux, Windows et Mac).

Ce système est utilisé relativement fréquemment par les chercheurs en sciences « naturelles », mais très peu par les chercheurs en sciences humaines et sociales. Dans la suite de ce billet, je présente un exemple de comment écrire une thèse mêlant français et vietnamien pour en convaincre quelques uns de sauter le pas.

Commencez par enregistrer dans les favoris de votre navigateur l’adresse du wikibook sur LaTeX, http://fr.wikibooks.org/wiki/LaTeX, et téléchargez-le au format pdf afin de ne pas être bloqué si vous n’avez pas de connexion internet. Puis, lisez la première partie intitulée « Premiers pas ». Une fois cela fait, vous êtes prêt à écrire votre thèse en LaTeX !

Créez un répertoire « thèse_latex » sur votre ordinateur à l’intérieur duquel vous créez un document texte « fichier_maitre.tex ». C’est ce fichier que vous compilerez afin d’obtenir votre thèse au format pdf. Comme un tel document est généralement très gros, surtout en SHS, il est pertinent de créer un fichier « chapitre1.tex », un fichier « chapitre2.tex » et ainsi de suite pour chaque chapitre. Le fichier maître se chargera d’inclure le contenu de ces fichiers lors de la création du pdf final.

Voici le fichier maître, les lignes commencées par « % » étant des commentaires:


% !TEX encoding = UTF-8 Unicode

% sous Mac, pour l'antislash, faire Alt + Maj + /
% sous Mac, pour l'accolade, faire Alt + ( ou )
% sous Mac, pour le crochet, faire Alt + Maj + ( ou )
% sous Mac, pour le le tilde, faire Alt + n

% définir le format des pages, la taille de la police et le type de document
\documentclass[a4paper,12pt]{book}

% package pour l'encodage des langues
\usepackage[vietnam,francais]{babel}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}

% package pour les liens hypertexte et les propriétés du pdf
\usepackage{hyperref}
\hypersetup{
 unicode=true,
 pdfauthor={M G},
 pdftitle={Ma thèse},
 pdfkeywords={géographie, urbanisme},
 colorlinks=true,
 linkcolor=blue,
 linktoc=page,
}

% package pour inclure des images
\usepackage{graphicx}

% package pour inclure un document pdf à l'intérieur du pdf final
\usepackage[final]{pdfpages}

% package pour faire un index
\usepackage{makeidx}
\makeindex

% package pour faire un glossaire
% (on peut aussi rajouter l'option "acronym" pour avoir une liste d'acronymes)
\usepackage{glossaries}
\makeglossaries
\newglossaryentry{sample}{name={sample}, description={a sample entry}}
% à terme, on peut regrouper toutes les entrées dans un seul fichier et faire un "include"

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

\begin{document}

\title{Ma thèse}
\author{M G}
\date{14/12/2010}
\maketitle

\listoffigures

% inclusion du contenu du chapitre 1
\include{chapitre1}

% inclusion du contenu du chapitre 2
\include{chapitre2}

% créer l'index
\printindex
\addcontentsline{toc}{chapter}{Index}

% créer le glossaire
\printglossaries
\addcontentsline{toc}{chapter}{Glossaire}

% créer la bibliographie
\nocite{durand_villes_1995}   % ajout à la bibliographie sans besoin d'être cité dans le texte lui-même
\bibliographystyle{plain-fr}   % spécifie le style selon lequel la bibliographie va être représentée
\bibliography{Mabibliotheque.bib}   % spécifie le fichier au format "bibtex" dans lequel se trouvent les références bibliographiques

% insérer la table des matières
\tableofcontents

\end{document}

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

Voici le contenu du fichier « chapitre1.tex »:

% !TEX encoding = UTF-8 Unicode

\chapter{Voici mon titre de premier chapitre}

\section{Et voici ma première section}

\subsection{Ainsi que ma première sous-section}

Salut, voici un premier essai de lettres accentuées: é à ç. Et voici du remplissage en latin: Legi, Patres colendissimi, in Arabum monumentis, interrogatum Abdalam 1 Sarracenum, quid in hac quasi mundana scaena admirandum maxime spectaretur, nihil spectari homine admirabilius respondisse. Cui sententiae illud Mercurii adstipulatur: Magnum, o Asclepi, miraculum est homo.

\subsection{Deuxième sous-section}

Maintenant un peu de vietnamien: \foreignlanguage{vietnam}{đưỡng lô ghè}. Puis un terme à mettre dans l'index: toto\index{toto}. Mais cela peut également être un ensemble de mots en vietnamien:
<pre>\foreignlanguage{vietnam}{đưỡng lô ghè}</pre>
\index{\foreignlanguage{vietnam}{đưỡng lô ghè}}.

\section{Deuxième section}

Horum dictorum rationem cogitanti mihi non satis illa faciebant, quae multa de humanae naturae praestantia afferuntur a multis: esse hominem creaturarum internuntium, superis familiarem, regem inferiorum; sensuum perspicacia...

% insertion d'une figure
\begin{figure}[!t]
\centering
\includegraphics[width=\textwidth]{images/IMG_1426_small}
\caption{Le marché}
\label{Marché}
\end{figure}

Magna haec quidem, sed non principalia, idest quae summae admirationis privilegium sibi iure vendicent. Cur enim non ipsos angelos et beatissimos caeli choros magis admiremur?

% commande pour ajouter un espace vertical
\vspace{0.5cm}

Je vais maintenant testé l'ajout d'un terme dans le glossaire, commençons avec \gls{sample}. Cela a l'air de marcher. Rajoutons un peu de vietnamier pour rigoler encore: \foreignlanguage{vietnam}{đưỡng lô ghè}.

Et voici le contenu du fichier « chapitre2.tex »:

% !TEX encoding = UTF-8 Unicode

\chapter{Deuxième chapitre}

\section{Première section}

Voici une entrée pour le glossaire: \newglossaryentry{Toto_1}{description={un toto qui rit bien}}. Et maintenant une citation bibliographique: \cite{hue_litteratures_1999}.

\section{Deuxième section}

Mais n'oublions pas les listes:
\begin{itemize}
\item Toto1: bciovzgiuzbe
\item Toto2: cnfivgu
\end{itemize}

Enfin ajoutons une note de bas de page\footnote{toto}, et une deuxième\footnote{\cite{hue_litteratures_1999}}, avec une référence cette fois.

Sed non erat paternae potestatis in extrema fetura quasi effeta defecisse; non erat sapientiae, consilii inopia in re necessaria fluctuasse; non erat benefici amoris, ut qui in aliis esset divinam liberalitatem laudaturus in se illam damnare cogeretur.

Et enfin voici le fichier de bibliographie au format Bibtex:


% !TEX encoding = UTF-8 Unicode

@book{hue_litteratures_1999,
 address = {Paris},
 series = {Histoire littéraire de la francophonie, {ISSN} 1258-0368 ; {1999Universités} francophones, {ISSN} 0993-3948},
 title = {Littératures de la Péninsule indochinoise},
 isbn = {{2-86537-968-X}},
 abstract = {{AUF} = Agence universitaire de la francophonie. - Coll. principale : Universités francophones. - 9782865379682},
 publisher = {Ed. Karthala},
 author = {Bernard Hue and {Pierre-Richard} Féray},
 year = {1999},
 keywords = {24288, Francophonie -- Histoire, French language -- Indo China, Indo China -- Literature, Indochine -- Dans la littérature, Indochine -- Littératures, Literature -- Indo China -- 19th century, Literature -- Indo China -- 20th century, Littérature francophone -- Histoire et critique}
},

@article{durand_villes_1995,
 title = {Villes et urbanisation au Vietnam, une esquisse d'état des lieux bibliographique},
 volume = {2},
 number = {31},
 journal = {Péninsule},
 author = {Frédéric Durand},
 year = {1995},
 pages = {141--162}
},

Avec cet exemple, nous aurons vu à peu près toutes les bases nécessaires pour écrire sa thèse avec LaTeX: inclusion de documents, bibliographie, index, glossaire, images, notes de bas de page, etc. Le pdf final ressemble à ça: pas mal, non ?

Pour aller plus loin, personnaliser la mise en page, ajouter des annexes, le mieux est de farfouiller dans le wikibooks ou sur le site des tuteurs de l’ENS. Et puis on apprend en essayant… A noter le package « classic thesis » qui permet d’obtenir une belle mise en page sans beaucoup d’efforts (disponible ici).


Notes de lecture et cerises de crise

3 décembre 2010
  • Beaucoup craignent cette obligation d’inventer, on ne peut leur donner tort. J’ai l’audace de m’en réjouir. Pourquoi ?
  • Comment mesurer la nouveauté d’un évènement ? Elle est proportionnelle à la longueur de l’ère précédente, que cet évènement clôt.
  • Pour l’avoir lu mille fois dans les livre d’histoire, nous croyons, d’autre part et naïvement, que la vieille conduite du peuple romain, réclamant sans cesse panem et circenses, du pain et des jeux, résultait de son état de décadence ou, du moins, le faisait voir. Pas du tout: elle la causait. Croire, en effet, qu’une société ne vie que de pain et de jeux, d’économie et de spectacle, de pouvoir d’achat et de médias, de banque et de télés, comme nous subsistons aujourd’hui, constitue un tel contresens sur le fonctionnement réel de toute collectivité que ce choix exclusif, erroné, la précipite vers sa fin pur et simple, comme on l’a vu pour la Rome Antique.
  • Nous dépendons enfin des choses qui dépendent de nous. Étrange boucle, difficile à gérer. Nous dépendons, en effet, d’un monde dont nous sommes en partie responsable de la production. Nous entrons dans cette ère anthropocène.
  • Qui va parler au nom de la Biogée ? Ceux qui la connaissent et lui ont consacré leur vie.
  • […] les six grands bouleversements cités proviennent tous, sans aucune exception, de la recherche scientifique et de ses applications: agronomie, médecine, pharmacie, biochimie, physique nucléaire, sciences de la vie et de la Terre… Les scientifiques ont donc déjà manifesté le pouvoir de transformer la face du monde et la maison des hommes. […] De plus, et contrairement aux industries et aux instances financières, seule la science a l’intuition et le souci du long terme.
  • […] qui prendra la parole en Biogée ? Les savants. […] Qu’ils disent le bien commun. […] Qu’ils définissent un nouveau travail, orienté vers la reconstruction. Que, d’après ses codes propres, ils énoncent les lois de la Biogée. […] Pourraient-ils se séparer du complexe militaro-industriel et couper toute relation avec les secteurs de l’économie qui détruisent le monde et affament les hommes ?
  • Les Sciences de la Vie et de la Terre parlent la langue propre à la Biogée. Elles réinventent, aujourd’hui, une pluridisciplinarité, fédérée autour d’elles, fédération qui peut conduire à un enseignement propre à passionner tout le monde, donc à susciter une autre société.
  • […] les choses de la Terre et de la vie, comme nous codées, savent et peuvent recevoir de l’information, en émettre, la stocker, la traiter.
  • Signer un contrat naturel paraît aujourd’hui moins une obligation juridique et morale qu’une évidence de fait.
  • […] aucune règle éthique ne sait ni ne peut interdire, au préalable, l’exercice libre de la recherche collective du vrai; que telle recommandation morale intervienne après l’invention, l’innovation ou la réalisation nouvelles, et elle se rend inefficace par là même. Comment s’y prendre pour qu’une loi morale s’exerce avant, pendant et après toute recherche ?
  • Premier et ancien serment: Pour ce qui dépend de moi, je jure: de ne point faire servir mes connaissances, mes inventions et les applications que je pourrai tirer de celles-ci à la violence, à la destruction ou à la mort, à la croissance de la misère ou de l’ignorance, à l’asservissement ou à l’inégalité, mais à les dévouer, au contraire, à l’égalité entre les hommes, à leur survie, à leur élévation et à leur liberté.
  • La religion géra les hommes; en prétendant les défendre, l’armée les gouverna et, souvent, les asservit; enfin, l’économie se mit à régir leurs vies, parfois implacablement. […] Qui prend aujourd’hui le relais ? Le savoir, aux accès désormais faciles, une pédagogie accessible, la démocratie de l’accès général. […] Que les savants puissent parler au nom de la Biogée exige qu’ils prêtent un Serment dont les termes les libèrent de toute inféodation aux trois classes précédentes. Pour devenir plausibles, il faut que, laïques, ils jurent ne servir aucun intérêt militaire ni économique.
  • […] toute hiérarchie précédente se fondait sur la rétention de l’information, sur le verrouillage d’une rareté […] La hiérarchie, c’est ce vol. […] Aujourd’hui, ô paradoxe, la plus belle mine d’or réside dans les données, je veux dire vraiment données: à la disposition de tous et partagées. Cet accès universel change la nature même du pouvoir. […]  La liberté, c’est l’accès.
  • Non seulement l’accès, possible, mais l’intervention, active. Le nouvel habitat permet à chacun, ignorant, inexpert, indigent, pauvre ou misérable, mineur en tous ordres, de s’y instruire, de s’y investir, d’y donner son opinion, de participer aux décisions, de partager l’expertise, bref, de rester attentif à son propre destin et actif dans celui de la collectivité. Voici que vient un vote en temps réel et généralisé, qui permet de rêver à une authentique démocratie de participation, puisque l’égalité règne, ici, aussi bien pour l’intervention, libre, que par l’accès, facile.
  • Quel drame pour la pensée que la vieille morale de l’engagement politique ! […] Urgent à entreprendre, voici un petit travail par lequel les engagés pourraient recommencer: travailler à la Réforme de l’Entendement.
  • Douces, les trois révolutions de l’écriture, de l’imprimerie et de l’ordinateur ont bouleversé l’histoire , les conduites, les institutions et le pouvoir de nos sociétés, de manière beaucoup plus fondamentale que les changements durs, ceux des techniques de travail, par exemple.
  • Je le répète, dur se dit du travail à l’échelle entropique: coups de marteau sur un burin, fonte de l’acier, moteurs, bombes nucléaires. Doux se dit des actes d’échelle informationnelle: traces, marques, signes, codes et leur sens.
  • Je promets, pour demain, un long livre sur ce Doux.

Michel Serres, Temps des crises (2009)

 

 

Un court livre (80p.) le long duquel j’ai oscillé entre de nombreux acquiescements manifestes et quelques désaccords tranchés, plutôt des déceptions réalistes.

Quelques questions pour l’avenir: comment quantifier le potentiel d’inventions d’un système (dans le sens, sa capacité à produire de l’information) ? (cela nécessitant de définir ce qu’on entend par information…); comment créer les conditions pour qu’un message soit sélectionné, du type « que les savants puissent parler au nom de la Biogée exige qu’ils prêtent un Serment » ? (quand on sait les difficultés actuelles); comment favoriser l’accès aux données ? (en parlant d’accès aux données…); comment, au delà de l’accès aux données, insuffler le « don d’information » among our fellow citizens ? (par « don d’information », j’entends « enseignement », « pédagogie », etc)


Cas concret de frictions entre science et société

17 août 2010

Les faits

Une soixantaine de faucheurs venus de toute la France ont saccagé 70 pieds de vigne transgénique dans l’unité de Colmar de l’Institut national de recherche agronomique (Inra) dans la nuit de samedi à dimanche, « un acte gravissime pour la recherche » selon le directeur du site. (extrait d’une dépêche AFP)

Dans un autre style, voici un extrait d’une pétition de soutien aux faucheurs:

« Aujourd’hui, 15 août 2010, une vigne génétiquement modifiée résistante au court noué a été neutralisée par les Faucheurs Volontaires à l’INRA de Colmar. »

L’historique

Ce n’est pas la première fois que des vignes OGM se font arrachées à l’INRA de Colmar. L’historique de toute l’affaire est disponible ici sur le site web de l’INRA. A lire absolument si on veut comprendre quelque chose de concret (ne pas se contenter uniquement des articles de la presse grand publique !). C’est écrit par l’un des protagonistes de l’affaire (en l’occurrence l’INRA) alors certains peuvent craindre que ce ne soit pas objectif, mais lisez quand même, c’est très instructif…

La question

Que doit-on penser de tout ça ? Qui est responsable de quoi ? Qui croire ? Comment sortir de cette situation ?

La (piste de) réflexion

C’est bien compliqué… Je ne saurai discourir ici sur les bienfaits et méfaits accompagnant toute innovation technique. Par contre, je peux partager quelques informations utiles à ce débat sur la vigne OGM, informations qui se trouvent être disponibles grâce à internet, sur lesquelles je peux porter un regard critique et qui me semblent nécessaires à la compréhension du sujet. Ces informations une fois partagées et discutées nous entraîneront vers une perspective qui saura, je l’espère, susciter votre intérêt pour « aller plus loin ».

* * *

Le premier point concerne le fait que l’INRA a petit à petit intégré dans sa manière de faire la concertation avec la société civile. Exemple de cette prise de conscience, un article paru dans le journal scientifique Nature en 2007:

The public should be consulted on contentious research and development early enough for their opinions to influence the course of science and policy-making.

Pierre-Benoit Joly (directeur de recherche INRA)

Arie Rip (professeur de philosophie des sciences aux Pays-Bas)

Nature volume  450 (8 November 2007)

Afin d’avoir une bonne idée du processus de concertation, je ne saurai trop recommander la lecture du (court) rapport « Mettre les choix scientifiques et techniques en débat » écrit par des membres du laboratoire TSV (« Transformations sociales et politiques liées au vivant ») de l’INRA d’Ivry.

* * *

Le deuxième point concerne la vigne OGM elle-même. Le but des recherches de l’INRA de Colmar en mettant au point des plantes OGM est de mieux comprendre la maladie dit du « court noué ». Cette maladie est due à un virus qui est transmis de plante en plante par un ver du sol (un nématode). Pour en savoir plus, rien de mieux que de lire la description que font les chercheurs de leur travail. Là encore, allez lire ce qu’ils ont écrit, après tout ce sont eux les spécialistes et ils savent aussi écrire de telle sorte que ce soit compréhensible par à peu près tout le monde.

Dans la pétition de soutien aux faucheurs, on peut lire: « L’intérêt scientifique de cette expérimentation est également mis en doute par le fait que cette maladie est mineure et que l’on sait déjà la gérer: on arrache les pieds infectés puis on laisse reposer la terre pendant plusieurs années. » Or dans un billet de blog du site Libération j’apprends que « des travaux récents montrent que 4 ans après l’arrachage d’une vigne court-nouée, des nématodes porteurs du virus sont toujours présents dans le sol ». Alors qui croire ?

S’il y a des résultats scientifiques récents concernant la présence dans le sol du virus même après avoir arraché les vignes infectées, je devrais pouvoir les trouver. Ni une ni deux, je vais sur Google Scholar et je tape « soil grapevine virus ». En effet, je tombe sur l’article suivant intitulé « Survival of Xiphinema index in Vineyard Soil and Retention of Grapevine fanleaf virus Over Extended Time in the Absence of Host Plants ». Cet article se trouve être même en accès libre (au format pdf).

Des chercheurs de l’INRA travaillant sur le virus de la vigne en question ainsi que sur les nématodes (vers de terre porteurs du virus) ont collaboré et ont conclu dans cette étude de 2005 que: « Our findings on the long-term survival of viruliferous X. index under adverse conditions emphasize the need for new control strategies against GFLV. »

Alors, quoi faire ? Et bien si laisser les sols au repos pendant quatre ans n’est pas suffisant, on peut toujours ce dire qu’il faut attendre plus longtemps. Je veux bien croire que le secteur viticole français soit en surproduction (bien que la situation ait changé depuis 2007), mais quand on sait que 30% du vignoble français subi le « court noué », c’est un régime peut-être un peu drastique que de dire à tous ces producteurs d’attendre plusieurs années avant de recommencer à produire. En pratique, cela me paraît quelque peu difficile à réaliser.

On peut aussi penser que les conclusions des chercheurs ne sont que partiellement vraies, qu’ils n’ont pas tout bien regarder, etc. Mais c’est une accusation très forte et je n’ai pas l’impression que l’on puisse faire cela dans notre cas. La question se repose donc: quoi faire ? Et bien, peut-être qu’en introduisant une résistance génétique dans le génome des cépages on pourra améliorer un peu les choses ? Ou bien peut-être qu’en comprenant les déterminants moléculaires de la transmission du virus par le nématode, on pourra utiliser des moyens de lutte biologiques (des prédateurs des nématodes) plus adaptés, ou encore mettre au point des agents chimiques plus spécifiques ?

Mais avant de faire ça, il faut bien faire des recherches pour voir au moins si c’est possible parce que sinon, on juge avant même d’avoir des éléments de réponse. Et là, ce qui se passe, c’est que l’INRA ne peut même pas faire ces recherches. Malgré le fait qu’un processus de concertation ait été mis en place impliquant vignerons, chercheurs, conseillers scientifiques, etc. Une consultation publique a même été organisée. Le risque est de complètement braquer les chercheurs, de creuser le fossé entre eux et le reste de la société civile. D’un autre côté, le risque est de financer certaines recherches sous l’influence d’un scientisme ambiant qui n’est pas toujours de bon augure.

* * *

Le but n’est pas ici de savoir si une vigne OGM doit être commercialisée mais plutôt comment on gère l’effort de recherche en agronomie. Je ne vois pas d’autre solution que de continuer la recherche et d’augmenter l’effort de concertation, encore et toujours, d’améliorer les interactions entre les différents intervenants, car tous, chercheurs et citoyens, ont à y gagner, à condition que chacun essaie de se mettre à la place de l’autre.

Le nœud du problème concerne les relations entre science et société. Tous les chercheurs sont confrontés à cela, à plus ou moins grande échelle, et particulièrement à l’INRA, organisme de recherche finalisée, dont les trois domaines de recherche sont l’agriculture, l’environnement et la nutrition.

Au sujet des relations entre science et société, beaucoup de choses sont à construire, ce qui est d’autant plus passionnant. Alors si ce sujet vous intéresse, jetez un coup d’œil au manifeste en construction Revoluscience dont le sous-titre est « Pour une médiation scientifique émancipatrice, autocritique et responsable« . Pour le coup, c’est pile dans le sujet, c’est très actuel et vous pouvez même participer à son amélioration !


About choosing its scientific project

30 juin 2010

Choosing a research topic is a gamble. If too many projects don’t work it can be the end of your career, but picking things that are easy and boring can end your career too. I’m a contrarian. I like to choose problems that no one else works on. I have a formula: when I do a search for a potential research topic, I’ll pursue only those topics that generate fewer than 100 papers.

[…]

I try to manage competition intelligently so that it doesn’t destroy anyone’s career. My lab is open with its data. If we find out that others are on the same course, we either plan a co-submission with them, or, if they are really ahead, we’ll change course. I don’t like working in paranoid secrecy. I’ll call a direct competitor and ask about their work to try to develop these compromises. I don’t think enough people do this. I believe that competition is good, but if a project gets scooped it’s destructive. It can hamper careers and waste taxpayers’ dollars.

Leslie Vosshall, interview in Nature, 30 June 2010

I should try to keep this in mind when thinking about my postdoc project…


Rupture de paradigme, est-ce fréquent ?

28 juin 2010

Qu’est-ce donc qui fait qu’une question est intéressante ? Comme l’a montré Thomas Kuhn, la communauté scientifique, à un moment donné, s’accorde sur un paradigme, un ensemble de faits et de théories qui impliquent des questions, qui déterminent un programme de recherche. Dans ce cadre, les questions qui peuvent faire progresser le programme de recherches sont jugées intéressantes ; les autres non. Kuhn définit une révolution scientifique comme un changement de paradigme. Celui qui en est à l’origine devient de fait un héros de la science, à aligner dans la liste des Copernic, Newton, Darwin, Einstein…
Certains scientifiques (dont John Maynard Smith) ont fait remarquer que la description de Kuhn, pour pertinente qu’elle soit, a un grave défaut : elle pousse les scientifiques à rejeter les paradigmes et à se poser en révolutionnaires de la Science, même s’ils n’ont pas vraiment de nouveau paradigme à proposer.

Pierre-Henri Gouyon, extrait d’un commentaire

sur La structure de la théorie de l’évolution de S. Gould

Pour les curieux, le texte intégral du commentaire est .

Pour ceux qui l’auront lu, Gouyon parle de la distinction entre sélection et divergence, process et pattern, fonctionnalistes et structuralistes. Et vous, où vous situez vous ?

Ces questions entre comprendre l’adaptation « théorique » et expliquer la biodiversité « observée » me font penser à quelque chose qui me trotte dans la tête depuis quelques mois. Feynman disait « what I cannot create, I do not understand ». Cela voudrait-il dire que pour comprendre la biodiversité il nous faudrait faire de l’ecosystem engineering ? Et pour cela, est-ce pertinent d’envisager la sélection d’écosystèmes comme ici ? En quoi cette vision s’oppose-t-elle à celle du phénotype étendu développée par Dawkins ?


Hey guy, lâche le clavier et viens dialoguer dans la rue !

25 mai 2010

Le 30 mai à partir de 15h, une poignée de jeunes scientifiques se réunira à Beaubourg en plein centre de Paris pour discuter librement d’idées scientifiques avec les passants. Pas de doute qu’une telle proposition devrait en intéresser plus d’uns…

Parmi tous les sujets possibles (et Dieu sait combien il y en a), le big bang, l’évolution des génomes, les implications biologiques de la cooptation ainsi que la théorie du soi et du non-soi seront vraisemblablement sur toutes lèvres en ce dimanche après-midi. Mais bien sûr, tout le monde est libre de nous rejoindre et d’échanger ses propres idées scientifiques !

En effet, depuis 1872, un célèbre décret en droit anglais établit que la liberté d’expression ne doit pas être limité à « l’inoffensif » mais aussi étendu « à celui qui irrite, au querelleur, à l’excentrique, à l’hérétique et au provocateur, tant que son discours ne vise pas à provoquer la violence ». Au final, un certain lieu de Hyde Park dans cette belle ville de Londres est maintenant bien connu sous le nom de Speakers’ Corner.

Dans cet esprit, nous proposons ici d’inaugurer le premier Scientific Corner, en plein centre de Paris. Quel que soit le niveau de connaissance de chacun, nous accueillerons tout le monde avec grand plaisir, tant est qu’il soit inspiré par la phrase suivante: « c’est par l’intuition que l’on trouve et par la logique que l’on découvre, Henri Poncaré.

* * *

On May the 30th, starting at 15:00, a few young scientists will gather at Beaubourg in the centre of Paris to freely discuss scientific ideas with anyone passing by. No doubt that curious minds should be attracted by such an offer…

Among all possible subjects (and God knows how many there are), the big bang, the evolution of genomes, the biological implications of coopetition and the theory of self and non-self to name a few, are likely to be hot topics this Sunday. But of course, feel free to join and exchange your own scientific ideas!

Indeed, since 1872, a ruling famously established in English case law that freedom of speech could not be limited to the inoffensive but extended also to « the irritating, the contentious, the eccentric, the heretical, the unwelcome, and the provocative, as long as such speech did not tend to provoke violence ». As a result, a specific location of Hyde Park in this great city of London is now well-known to be THE Speakers’ Corner.

In such a spirit, we here propose to inaugurate the first Scientific Corner, in the centre of Paris. Whatever the degree of knowledge one is supposed to have, we will welcome with great pleasure anyone inspired by this sentence: « it is by intuition that we discover and by logic that we prove », Henri Poincaré.


%d blogueurs aiment cette page :